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Design and Implementation of Bioinformatics Methods for Structural and Functional Analyses of Biologically Relevant Molecules (Nucleic Acids and Proteins)

Design-and-Implementation-of-bioinformatics-methods Design and implementation of bioinformatics methodologies to analyse molecular data. Different aspects are considered such as structure and function analyses of protein molecules and nucleic acid sequences, "omics" data processing, including methods for gene and genome annotations, and for Next generation data analysis.

Activity start 1998
Publications - D'Agostino N, Traini A, Frusciante L, Chiusano ML. Gene models from ESTs (GeneModelEST): an application on the Solanum lycopersicum genome. BMC Bioinformatics. 2007 Mar 8;8 Suppl 1:S9. PubMed PMID: 17430576; PubMed Central PMCID: PMC1885861. Q1
- D'Agostino N, Aversano M, Chiusano ML. ParPEST: a pipeline for EST data analysis based on parallel computing. BMC Bioinformatics. 2005 Dec 1;6 Suppl 4:S9. PubMed PMID: 16351758; PubMed Central PMCID: PMC1866376. Q1
- Iazzetti G, Chiusano ML, Calogero RA. STRIRED: graphical analysis of string repeats. Bioinformatics. 1998;14(2):221-2. PubMed PMID: 9545457. Q1
- Chiusano ML, Gojobori T, Toraldo G (2005), “A C++ Computational Environment for Biomolecular Sequence Management.”; Computational Management Sciences, 2: 165-180; Q1
Permanent staff Chiusano Maria Luisa (BIO/11), Frusciante Luigi (AGR07)
Temporary or external staff Collaboratori non strutturati o ex non strutturati che hanno partecipato alle attività:
- D'Agostino Nunzio: ex PhD and Post DOC, attualmente ricercatore al CRA, Pontecagnano Salerno
- Traini Alessandra: ex PhD and Post Doc attualmente senior scientist presso Wellcome Trust Genome Campus, Cambridge, Inghilterra
Collaboratori principali responsabili da altri istituti:
- Gojobori T.,National Institute of Advanced Industrial Science and Technology, Tokyo, Japan
- Toraldo G., Universita' degli Studi di Napoli Federico II, NApoli
Collaborations  
SSD  
Projects - Agronanotech I (2004-2006) and  II (2008-2011), MIPAF, Italia (responsabile UO)
- Genopom I (2005-2010), GenopomPRO and GenHORT (2007-2013), MIUR, Italia (responsabile UO)
- EUSOL, VI programma quadro, EU (responsabile UO), 2005-2010
- SPOT-ITN, VII programma quadro, EU (responsabile UO), 2012-2015
Recognitions and awards - Invitata come relatore al Convegno CAPI per la promozione del calcolo intensivo in Italia, 16-17 Ottobre 2001
- Attivita' di divulgazione mediante riviste e media:
  - "Anche l'informatica diventa BIO e innova i metodi ", from Maria Luisa Chiusano (2005). In "Come alla Corte di Federico II" (Geni, Genomi e Malattie. Corriere del Mezzogiorno)
  - "I BioBricks: costruire la vita on demand" from Maria Luisa Chiusano and Luigi Lania sul sito web dell'Universita' "Federico II" di Napoli (2005)
Scientific events LA Dott. Chiusano fa parte del comitato scientifico e organizzatpre di convegni nazionali ed internazionali nel settore:
- BITS 2007 - Napoli - Convegno della Societa' Italiana di Bioinformatica
- BITS 2009 - Genova - Convegno della Societa' Italiana di Bioinformatica
- BITS 2010 - Bari - Convegno della Societa' Italiana di Bioinformatica
Technology and know-how transfers Software:
- ParpEST per l'analisi di Expressed Sequence Tags (EST)
- GeneModelEST: metodo per la predizione di locus genici in sequenze genomiche
- Strired: metodo per la ricerca di stringhe ripetute in sequenze nucleotidiche
- Set di classi in C++ per la memorizzazione efficiente di sequenze nucleotidiche e amminoacidiche
Other