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Design and Implementation of Integrated Biomolecular Databases

Design-and-Implementation-of-integrated-biomolecular-databases Design and implementation of integrated data banks for biomolecular data organization. management and interpretation, aiming at the value added information obtained by the integration of multiple levels of biological organization and functionality.

Activity start 2005
Publications - Bioinformatics. 2008 Mar 26;9 Suppl 2:S7. doi: 10.1186/1471-2105-9-S2-S7. PubMed PMID: 18387209; PubMed Central PMCID: PMC2323670. Q1
- Genome Information Integration Project And H-Invitational 2, Yamasaki C, Murakami K, Fujii Y, Sato Y, Harada E, Takeda J, Taniya T, Sakate R, Kikugawa S,  Shimada M, Tanino M, Koyanagi KO, Barrero RA, Gough C, Chun HW, Habara T, Hanaoka H, Hayakawa Y, Hilton PB, Kaneko Y, Kanno M, Kawahara Y, Kawamura T, Matsuya A, Nagata N, Nishikata K, Noda AO, Nurimoto S, Saichi N, Sakai H, Sanbonmatsu R, Shiba R, Suzuki M, Takabayashi K, Takahashi A, Tamura T, Tanaka M, Tanaka S, Todokoro F, Yamaguchi K, Yamamoto N, Okido T, Mashima J, Hashizume A, Jin L, Lee KB, Lin YC, Nozaki A, Sakai K, Tada M, Miyazaki S, Makino T, Ohyanagi H, Osato N, Tanaka N, Suzuki Y, Ikeo K, Saitou N, Sugawara H, O'Donovan C, Kulikova T, Whitfield E, Halligan B, Shimoyama M, Twigger S, Yura K, Kimura K, Yasuda T, Nishikawa T, Akiyama Y, Motono C, Mukai Y, Nagasaki H, Suwa M, Horton P, Kikuno R, Ohara O, Lancet D, Eveno E, Graudens E, Imbeaud S, Debily MA, Hayashizaki Y, Amid C, Han M, Osanger A, Endo T, Thomas MA, Hirakawa M, Makalowski W, Nakao M, Kim NS, Yoo HS, De Souza SJ, Bonaldo Mde F, Niimura Y, Kuryshev V, Schupp I, Wiemann S, Bellgard M, Shionyu M, Jia L, Thierry-Mieg D, Thierry-Mieg J, Wagner L, Zhang Q, Go M, Minoshima S, Ohtsubo M, Hanada K, Tonellato P, Isogai T, Zhang J, Lenhard B, Kim S, Chen Z, Hinz U, Estreicher A, Nakai K, Makalowska I, Hide W, Tiffin N, Wilming L, Chakraborty R, Soares MB, Chiusano ML, Suzuki Y, Auffray C, Yamaguchi-Kabata Y, Itoh T, Hishiki T, Fukuchi S, Nishikawa K, Sugano S, Nomura N, Tateno Y, Imanishi T, Gojobori T. The H-Invitational Database (H-InvDB), a comprehensive annotation resource for human genes and transcripts. Nucleic Acids Res. 2008 Jan;36(Database issue):D793-9. Epub 2007 Dec 18. PubMed PMID: 18089548; PubMed Central PMCID: PMC2238988. Q1
- D'Agostino N, Pizzichini D, Chiusano ML, Giuliano G. An EST database from saffron stigmas. BMC Plant Biol. 2007 Oct 9;7:53. PubMed PMID: 17925031; PubMed Central PMCID: PMC2221943. Q1
- D'Agostino N, Aversano M, Frusciante L, Chiusano ML. TomatEST database: in silico exploitation of EST data to explore expression patterns in tomato species. Nucleic Acids Res. 2007 Jan;35(Database issue):D901-5. Epub 2006 Nov 16. PubMed PMID: 17142232; PubMed Central PMCID: PMC1669777. Q1
Permanent staff Chiusano Maria Luisa (BIO/11), Frusciante Luigi (AGR07)
Temporary or external staff Collaboratori non strutturati o ex non strutturati che hanno partecipato alle attività:
- D'Agostino Nunzio, ex PhD and Post DOC, attualmente ricercatore al CRA, Pontecagnano Salerno
- Traini Alessandra ex PhD and Post Doc
- Licciardello Concetta ex PhD e attualmente ricercatore al CRA, Acireale, Catania
Collaboratori principali responsabili da altri istituti:
- Giuliano G., ENEA, Casaccia, Roma
- Gojobori T.,National Institute of Advanced Industrial Science and Technology, Tokyo, Japan
Consorzi in compartecipazione:
- International Consortium H-Invitational 2 per l'annotazione dei full length cDNA umani diretto dal Biological Information Research Center, National Institute of Advanced Industrial Science and Technology, Tokyo, Japan
Collaborations  
SSD  
Projects - Agronanotech I (2004-2006))e II (2008-2011), MIPAF, Italia (responsabile UO)
- Genopom I (2005-2010), GenopomPRO and GenHORT (2007-2013), MIUR, Italia (responsabile UO)
- EUSOL, VI programma quadro, EU (responsabile UO), 2005-2010
- SPOT-ITN, VII programma quadro, EU (responsabile UO), 2012-2015
Recognitions and awards - Nel 2006, il lavoro sulla banca dati  TomatEST ha ricevuto il premio:  associazione "Noi per la Vita" in onore del Prof. "Gaetano Salvatore"
- In 2003, la dott. Chiusano e' Invitata a partecipare allo “Human Full length cDNA Annotation Invitational 2”, Tokyo
- Attività di divulgazione mediante quotidiani o riviste dedicate (copie riportate su http://cab.unina.it):
  - "Genoma del pomodoro, studio napoletano" - sul Quotidiano Roma, 31 marzo 2008
  - "Tutti i segreti del pomodoro" - sul Quotidiano Napoli più, 1 aprile 2008
  - "Zafferano: svelati i segreti genetici da un consorzio italiano" sul Mondo agricolo 20/2007
  - Le piattaforme TomatEST e ISOLA sono state annunciate sulle newsletters del consorzio internazionale SOL newsletter
Scientific events LA Dott. Chiusano fa parte del comitato scientifico e organizzatpre di convegni nazionali ed internazionali nel settore:
- NETTAB-BBCC201: NETWORK TOOLS AND APPLICATIONS IN BIOLOGY: BIOLOGICAL WIKIS, Napoli, 29/11-1/12
Technology and know-how transfers Tutti i database descritti nelle pubblicazioni citati ed altri non pubblicati  sono accessibili pubblicamente al sito organizzato dalla Dott. Chiusano disponibile all'indirizzo http://cab.unina.it
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