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Structure Genomics and Epigenetics

Structure-Genomics-and-Epigenetics Characterization and analysis of plant and animal genome organization in terms of compositional, gene and repeat features. Analysis of chromatine organization and the impact on gene expression.

Activity start 2005
Publications - Marconi G, Pace R, Traini A, Raggi L, Lutts S, Chiusano M, Guiducci M, Falcinelli M, Benincasa P, Albertini E. Use of MSAP markers to analyse the effects of salt stress on DNA methylation in rapeseed (Brassica napus var. oleifera). PLoS One. 2013 Sep 23;8(9):e75597. doi: 10.1371/journal.pone.0075597.  eCollection 2013. PubMed PMID: 24086583; PubMed Central PMCID: PMC3781078. Q1
- The tomato genome sequence provides insights into fleshy fruit evolution. Tomato Genome Consortium.Nature. 2012 May 30;485(7400):635-41. doi: 10.1038/nature11119. PMID:22660326; Q1
- Di Filippo M, Traini A, D'Agostino N, Frusciante L, Chiusano ML. Euchromatic and heterochromatic compositional properties emerging from the analysis of Solanum lycopersicum BAC sequences. Gene. 2012 May 10;499(1):176-81. doi: 10.1016/j.gene.2012.02.044. Epub 2012 Feb 26. PubMed PMID: 22391094. Q2
- Cicatiello L, Mutarelli M, Grober OM, Paris O, Ferraro L, Ravo M, Tarallo R, Luo S, Schroth GP, Seifert M, Zinser C, Chiusano ML, Traini A, De Bortoli M, Weisz A. Estrogen receptor alpha controls a gene network in luminal-like breast cancer cells comprising multiple transcription factors and microRNAs. Am J Pathol. 2010 May;176(5):2113-30. doi: 10.2353/ajpath.2010.090837. Epub 2010 Mar 26. PubMed PMID: 20348243; PubMed Central PMCID: PMC2861078. Q1
- Barone A, Chiusano ML, Ercolano MR, Giuliano G, Grandillo S, Frusciante L. Structural and functional genomics of tomato. Int J Plant Genomics. 2008;2008:820274. doi: 10.1155/2008/820274. PubMed PMID: 18317508; PubMed Central PMCID: PMC2246074. Q2
- Mueller L.A., Lankhorst R.K., Tanksley S.D., Giovannoni J.J., White R., Vrebalov J., Fei Z., van Eck J., Buels R., Mills A.A., Menda N., Tecle I.Y., Bombarely A., Stack S., Royer S.M., Chang S.B., Shearer L.A., Kim B.D., Jo S.H., Hur C.G., Choi D., Li C.B., Zhao J., Jiang H., Geng Y., Dai Y., Fan H., Chen J., Lu F., Shi J., Sun S., Chen J., Yang X., Lu C., Chen M., Cheng Z., Li C., Ling H., Xue Y., Wang Y., Seymour G.B., Bishop G.J., Bryan G., Rogers J., Sims S., Butcher S., Buchan D., Abbott J., Beasley H., Nicholson C., Riddle C., Humphray S., McLaren K., Mathur S., Vyas S., Solanke A.U., Kumar R., Gupta V., Sharma A.K., Khurana P., Khurana J.P., Tyagi A., Sarita, Chowdhury P., Shridhar S., Chattopadhyay D., Pandit A., Singh P., Kumar A., Dixit R., Singh A., Praveen S., Dalal V., Yadav M., Ghazi I.A., Gaikwad K., Sharma T.R., Mohapatra T., Singh N.K., Szinay D., de Jong H., Peters S., van Staveren M., Datema E., Fiers M.W.E.J., van Ham R.C.H.J., Lindhout P., Philippot M., Frasse P., Regad F., Zouine M., Bouzayen M., Asamizu E., Sato S., Fukuoka H., Tabata S., Shibata D., Botella M.A., Perez-Alonso M., Fernandez-Pedrosa V., Osorio S.,Mico A., Granell A., Zhang Z., He J., Huang S., Du Y., Qu D., Liu L., Liu D., Wang J., Ye Z., Yang W., Wang G., Vezzi A., Todesco S., Valle G., Falcone G., Pietrella M., Giuliano G., Grandillo S., Traini A., D’Agostino N., Chiusano M.L., Ercolano M.R., Barone A., Frusciante L., Schoof H., Jöcker A., Bruggmann R., Spannagl M., Mayer K.X.F., Guigó R., Camara F., Rombauts S., Fawcett J.A., Van de Peer Y., Knapp S., Zamir D. & Stiekema W. (2009) A Snapshot of the Emerging Tomato Genome Sequence. The Plant Genome 2(1):78-92.
Permanent staff Chiusano Maria Luisa (BIO/11), Frusciante Luigi (AGR/07), Barone Amalia (AGR/07), Ercolano Maria Raffaella (AGR/07)
Temporary or external staff Collaboratori non strutturati o ex non strutturati che hanno partecipato alle attività:
- Traini Alessandra: ex PhD and Post Doc attualmente senior scientist presso Wellcome Trust Genome Campus, Cambridge, Inghilterra
- Miriam Di Filippo: ex post doc Università degli Studi di NApoli Federico II
- D'Agostino Nunzio: ex PhD and Post DOC, attualmente ricercatore al CRA, Pontecagnano Salerno
Collaboratori principali responsabili da altri istituti:
- Albertini E., Università di Perugia, Perugia
- Giuliano G., ENEA, Casaccia, Roma
- Weisz A., Università di Salerno, Salerno
Consorzi in compartecipazione:
- Tomato Genome Consortium
Collaborations  
SSD  
Projects - Agronanotech I (2004-2006))e II (2008-2011), MIPAF, Italia (responsabile UO)
- Genopom I (2005-2010), GenopomPRO and GenHORT (2007-2013), MIUR, Italia (responsabile UO)
- EUSOL, VI programma quadro, EU (responsabile UO), 2005-2010
- SPOT-ITN, VII programma quadro, EU (responsabile UO), 2012-2015
- FP7 COST ACTION FA1106, EU: Coordinatore di gruppo di lavoro, 2012-2015
Recognitions and awards La dott. Chiusano e' invitata come relatore al:
- Convegno Fish Genomics: Structural and Functional Aspects, 1-2 Giugno 2001, Ischia
- Convegno PlantGems: THe Plant Genomics European Meeting 2006, Venezia
- VII World Conference on Alternative and Animal Use in the Life Sciences, 30 Agosto-3 Settembre, Roma
- XLII Simposio Internazionale di Zootecnia su ”New Analytical Technologies: Tools and Implementation Strategies in Animal Science” ATTI 2007 Porto Conte (Alghero) 29/05/2007
Scientific events La Dott. Chiusano ha organizzato corsi e workshop sull'utilizzo di metodologie bioinformatiche per analisi di dati genomici:
- Napoli - Italia - Organizza e insegna nel Corso Bioinformatica I Livello. Progetto Agronanotech 13-16 Luglio 2004
- Napoli - Italia - Organizza e insegna nel Corso Bioinformatica II Livello. Progetto Agronanotech 16-20 Gennaio 2006
- Porto Conte - Sassari - Italia - nell'ambito della Laurea Specialistica in Biotecnologie Agrarie e Ambientali, Facoltà di Agraria Università di Sassari - dal 26 al 30 Maggio 2008: Organizza e insegna per la Scuola estiva di Bioinformatica
- Volterra - Italia - Responsabile scientifico e docente del corso: "Strumenti bioinformatici per l'analisi della struttura e della funzione del genoma", 15-19 Giugno 2009, per la Società Italiana di Genetica Agraria
Technology and know-how transfers  
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