trasparente

Plant genome sequencing

Plant-genome-sequencing Generation, sequencing, assembling and cataloguing of data and sequence variations in tomato, Cucurbita and wild potato Solanum commersonii. Analysis of their biological significance and the functional nucleotide polymorphisms.

Activity start 2004
Publications - Sato S, et al. (Tomato Genome Consortium). 2012. The tomato genome sequence provides insights into fleshy fruit evolution. Nature. 485:635-641. doi:10.1038/nature 11119 (Q1)
-  Mueller L. et al. 2009. A Snapshot of the Emerging Tomato Genome Sequence. The Plant Genome 2(1):78-9
-  Barone A, Di Matteo A, Carputo D, Frusciante L. 2009. Hight-Throughput Genomics Enhances Tomato Breeding Efficiency. Current Genomics 10:1-9.  (Q2)
- Mueller LA,  et al. 2005. The tomato sequencing project, the first cornerstone of the international Solanaceae project (SOL). Comparative and functional genomics  6:153-158.  (Q3)
- Ercolano MR, Sacco A, Ferriello F, D'Alessandro R, Tononi P, Traini A, Barone A, Zago E, Chiusano ML, Buson G, Delledone M. & Frusciante L.2014. Patchwork sequencing of tomato San Marzano and Vesuviano varieties highlights genome-wide variations. BMC Genomics 15:138. doi:10.1186/1471-2164-15-138 (Q1)
- Formisano, G., Roig, C., Esteras, C., Ercolano, M.R., Nuez, F., Monforte, A.J., Picó, M.B.2012 Genetic diversity of Spanish Cucurbita pepo landraces: An unexploited resource for summer squash breeding. Genetic Resources and Crop Evolution  59  (6)  PP. 1169 - 1184  doi: 10.1007/s10722-011-9753-y  (Q1)
- Formisano G, Paris HS, Frusciante L, Ercolano MR. 2010. Commercial Cucurbita pepo squash hybrids carrying disease resistance introgressed from Cucurbita moschata have high genetic similarity. Plant genetic resources: Characterization and Utilization. 8(3):198-203. doi:10.1017/S1479262110000183. (Q2)
- Aversano R., Contaldi F., Ercolano M.R., Grosso V., Iorizzo M., Tatino F., Xumerle L., Dal Molin A., Avanzato C., Ferrarini A., Delledonne M., Sanseverino W., Aiese Cigliano R., Capella-Gutierrez S., Gabaldón T., Frusciante L., Bradeen J.M., Carputo D. (2015) The Solanum commersonii genome sequence provides insights into adaptation to stress conditions and genome evolution of wild potato relatives. The Plant Cell 27:954-968 (Q1)
Permanent staff Lugi Frusciante (PO, AGR07),  Domenico Carputo (PO, AGR/07), Amalia Barone (PA,  AGR07), Maria Raffaella Ercolano (RU, AGR07), Riccardo Aversano (RU, AGR/07), Maria Luisa Chiusano (RU, BIO 11)
Temporary or external staff SOL International Consortium; Massimo Delledonne (PO Università di Verona); Paolo Iovieno (post-doc, UNINA),  B.Pico (COMAV-UPV Valencia Spain); James M. Bradeen (University of Minnesota, USA), Felice Contaldi (PhD student, UNINA),   Alberto Ferrarini (Università di Verona),  Toni Gabaldon (CRG, Spagna), Massimo Iorizzo (post-doc University of Wisconsin, USA), Marina Iovene (CNR, Bari)
Collaborations INTERNAZIONALI: Tomato Genome Consortium; SOL International Consortium; B.Pico (COMAV-UPV Valencia Spain); Paris HS (Israel);  James M. Bradeen (University of Minnesota, USA);  Toni Gabaldon (CRG, Spagna); Massimo Iorizzo (post-doc University of Wisconsin, USA).
NAZIONALI: Massimo Delledonne (PO, Università di Verona), Alberto Ferrarini (Università di Verona), Marina Iovene (CNR, Bari),Felice Contaldi (PhD student, UNINA)
SSD AGR07; BIO11; BIO18
Projects - Le nuove tecnologie molecolari per l’analisi del genoma di organismi di interesse agrario- AgroNANOTECH I e II. Finanziamento I triennio: € 1.496.187. Finanziamento II triennio: € 783.090. (MiPAAF.  2004-2007 e 2008-2011. Coordinamento progetto (10 UU.OO.)                                             
- Potenziamento della filiera pomodoro attraverso applicazioni integrate di post-genomica -GenoPOM-pro. Finanziamento: € 1.891.670 (PON MiUR. 01/07/2012-30/06/2015. Coordinamento progetto (7 UU.OO.) '- Valorizzazione di produzioni ortive campane di eccellenza con strumenti di genomica avanzata - GenHORT.  Finanziamento: € 1.651.020. (PON MiUR. 01/07/2012-30/06/2015. Coordinamento progetto (7 UU.OO.)
Recognitions and awards  
Scientific events SOL 2005; SIGA 2006; conferenza stampa 2012 'Come alla corte di Federico II'; Accademia dei Gergofilli 2013
Technology and know-how transfers Informazioni di sequenza per attuare breeding di precisione; dati di sequenza per breeding di precisione
Other